Les gènes peuvent en révéler pas mal.
L'abc de la génétique : les SNPs
Pour comprendre ce que l'analyse génétique peut nous apporter, il faut au moins avoir une compréhension de base de la génétique : nous héritons chaque gène en double, une fois de papa et une fois de maman. Chaque gène est, en simplifiant beaucoup, un plan de construction pour une protéine. Les protéines, à leur tour, pilotent le grand chimiste qu'est le corps humain, et déterminent donc, en fin de compte, ce que nous sommes.
L'analyse génétique se concentre essentiellement sur les plus petites modifications au sein de nos gènes. Une modification à exactement un seul endroit d'un gène suffit déjà pour que la protéine formée voie sa fonction légèrement (ou fortement) modifiée. Ces plus petites modifications au sein de nos gènes suffisent pour que nous, humains, malgré 99,9 % d'identité génétique... soyons pourtant si différents.
Une modification à exactement un endroit d'un gène s'appelle un Single Nucleotide Polymorphism (SNP), qui se prononce « snip ». Chaque SNP de chaque gène reçoit alors un nom spécifique. Ainsi, les chercheurs peuvent attribuer précisément chaque SNP. Et chaque snip, on l'hérite soit simplement (de maman ou de papa), soit doublement (de maman et de papa).
C'est sur cette base que fonctionnent par exemple les estimations d'appartenance ethnique ou de population. Des services comme 23andMe ou AncestryDNA analysent le mix spécifique de SNPs propre à chaque population. L'ensemble de ces SNPs d'une population est comme une empreinte digitale qui caractérise cette population. Cela veut dire aussi : chaque population se distingue un peu des autres par le type et la quantité de SNPs.
C'est exactement pour cette raison que 23andMe peut par exemple te dire que tu as « très probablement » des racines en... Pologne, Angleterre, Italie ou Asie. Pour cela, une infime quantité d'informations sur ton ADN suffit, à peine 0,1 %. On est très, très loin d'un décryptage complet de ton ADN.
Séquençage complet du génome : les Suisses ne sont pas des végans-nés
Moi, Chris, j'ai déjà fait un séquençage complet du génome (Full Genome Sequencing). Là, on reçoit vraiment d'énormes quantités de données, en gigaoctets, son propre génome entièrement décrypté. Une très, très, très longue série d'informations ADN. Et tous les SNPs de chaque gène que la science a décrits jusqu'à présent.
Quand on a déjà fait ça, on arrête de rêver. Sur certaines formes d'alimentation, par exemple. Des exemples :
- La plupart des Suisses ne peuvent plus convertir la provitamine A végétale en vitamine A.
- La plupart des Suisses développent très rapidement une carence en carnitine s'ils n'en consomment pas.
- La plupart des Suisses ont besoin de plus de choline dans leur alimentation.
Ces substances se trouvent principalement, voire exclusivement, dans les produits animaux. Je sais donc que le véganisme ne fonctionne durablement, chez la plupart des Suisses, qu'avec beaucoup de chance. Là, plus besoin de deviner ou de supposer. Nous, Suisses, ne sommes tout simplement pas des végans-nés.
Et voici comment cela fonctionne : la provitamine A, c'est-à-dire le bêta-carotène, est convertie en vitamine A dans le corps par une protéine (BCO1). La plupart des SNPs du gène BCO1 présents chez les Suisses font malheureusement en sorte que la protéine présente une perte de fonction.
Cela signifie que, chez la plupart des Suisses, l'enzyme censée convertir le bêta-carotène en vitamine A ne fonctionne pas du tout. Et pourquoi cette enzyme est-elle devenue obsolète au cours de l'évolution ? Parce que nos ancêtres avaient toujours une source appropriée de vitamine A dans leur alimentation, par exemple le foie ou l'huile de foie de morue, et n'étaient donc pas dépendants de la provitamine A végétale.
Malade ou pas malade ? L'épigénétique !
Mais les SNPs peuvent faire bien plus. Sur la base des SNPs, on peut calculer un score polygénique pour les maladies. Car certaines maladies sont bien documentées. Certains SNPs montrent en effet de forts liens avec des maladies spécifiques.
Certaines études fournissent alors 50 à 100 SNPs de différents gènes, associés à des degrés divers à une maladie. Ceux-ci sont comparés aux SNPs de tes propres gènes. Et ces données sont à leur tour comparées à d'autres personnes qui ont fait analyser leur génome.
Et on lit alors : « Vous êtes au 95e percentile pour... la maladie X. » Cela signifie : comparé à d'autres personnes, on a soi-même, malheureusement, malheureusement, un risque élevé pour la maladie X. Ou alors un risque faible, ça arrive aussi ;-)
Ce que l'on en fait ensuite, chacun en décide pour soi. La bonne nouvelle : la génétique est le plus souvent recouverte par l'épigénétique, c'est-à-dire notre mode de vie. Que les gènes nous rendent malades ou nous maintiennent en bonne santé dépend souvent, de manière décisive, de notre mode de vie.
Exemple du BCO1 (voir plus haut) : quelqu'un dont les gènes ne permettent pas de former de la vitamine A à partir du bêta-carotène ne tomberait malade que s'il ne consommait pas de vitamine A, donc s'il vivait de manière strictement végétale. Le mode de vie, c'est-à-dire suffisamment de vitamine A dans l'alimentation, recouvre ainsi les effets de ce gène. Relativement simple.
Un snip qui rend tes spermatozoïdes sans énergie
À propos de gènes. Des chercheurs ont découvert en 2012 un gène, la choline déhydrogénase, qui déciderait fortement de la vitalité des spermatozoïdes. Un certain SNP, que jusqu'à 10 % des personnes héritent tout de même de maman et de papa, provoque une chute énorme d'énergie de nos spermatozoïdes.
Les chercheurs pensent que ce gène, plus précisément ce SNP, déterminerait de manière significative la (in)fertilité de l'homme. Incroyable !
Pourquoi, là aussi, le mode de vie est décisif, et ce que peuvent faire les personnes qui portent ce SNP en double, c'est le sujet de [source plus disponible]. Super passionnant, super vaste, à ne surtout pas manquer une prochaine fois. ;-)